目前最讓歐美各國專家感到棘手的各種新冠肺炎痊癒後的後遺症，包括疲憊、虛弱、憂鬱、焦慮、記憶力和注意力變差等等，也可能跟腸道益菌失衡有關，「菌相失衡導致嚴重的新冠肺炎症狀，若痊癒後仍持續失衡，則可能讓身體持續呈現發炎的現象，導致各種後遺症」
研究很多，可以肯定的是，新冠肺炎與腸道健康關聯非常大，腸道本來就是人體最大的免疫器官，面對新冠肺炎疫情，不論是防疫者或是確診者，養好腸道都是必要關鍵。
感染新冠肺炎確診怎麼吃好得快？
1. 餐餐吃飽，充足的優質蛋白質： 蛋白質能幫助組織修復，身體代謝恢復。
2. 好的油脂均衡攝取：補充Omega-3，是天然的消炎藥。更能緩和新冠肺炎引發的「細胞激素風暴」，避免這種過激的免疫反應傷害身體。
3. 低升糖指數的澱粉、膳食纖維，其實就是補充益生元：多選擇全穀、高纖穀物，如:燕麥、山藥、地瓜、豆類，它們的纖維可提供益菌發酵，製造短鏈脂肪酸，能幫助抑制身體發炎、抑制壞菌繁殖。
4. 足夠的微量營養元素：
✔ 維生素D：研究顯示維生素D確實影響新冠肺炎死亡率。有免疫調節作用，可以減輕發炎。
✔ 鋅：鋅對附著在喉嚨黏膜的病毒，可產生立即抑制作用，進而減輕病毒的複製能力，將冠狀病毒感染侷限於上呼吸道，避免病毒進入血液中，隨著靜脈擴散到身體各處，有助提升免疫系統及控制炎症。
✔ 維生素A、C、B群及植化素：能強化抗發炎能力、疏緩症狀。
5. 多喝水補充電解質
相關研究整理：
一篇刊登在由《英國醫學期刊（British Medical Journal）》所出版的期刊《腸胃（Gut）》的研究發現，新冠肺炎患者和非感染者糞便中的菌相明顯不同。
香港中文大學的研究團隊發現，有81種細菌（包括壞菌與好菌）與多種長新冠有關。在好菌之中，#青春雙歧桿菌、 #長雙歧桿菌、#假小鏈雙歧桿菌 是提高人體免疫力的腸道細菌，但偏偏是「長新冠」患者腸道中缺少的好菌。而且即使病人已經痊癒，這樣的情況仍會持續30天。部分患者會產生免疫風暴，即免疫系統和病毒作戰時被過度活化，分泌細胞素（cytokine）造成身體組織的嚴重損傷。
英國倫敦大學國王學院遺傳流行病學教授斯佩克特（Tim Spector）指出，變異株Omicron引發的症狀跟以往典型的咳嗽、發燒、味覺異常有些不同，患者可能會因為病毒入侵腸道，而出現噁心、腹瀉、嘔吐、腹痛、胃灼熱及腹脹等6種隱形症狀。
根據《Gut Microbes》2021年11月發布的研究報告，服用特定益生菌菌株組合的冠狀病毒患者，與服用安慰劑的人相比恢復得更快。服用益生菌的人對病毒的抗體反應，也比安慰劑組更早達到峰值。此外，與安慰劑相比，服用益生菌者沒帶來太多副作用，而且也發現可減少鼻咽病毒量、肺浸潤以及消化和非消化症狀的持續時間。甚至服用益生菌的人在初次感染15天後症狀較輕，體內病毒含量較低。
南韓最新研究發現「腸道益菌」可阻新冠病毒入侵，首爾延世大學一份研究顯示，人類腸道「雙歧桿菌」（Bifidobacteria）可產生抑制新冠病毒（SARS-CoV-2）化合物。
《Allergy》2021發表的論文，巴塞爾-米盧斯-弗萊堡歐洲機場是一個位於法國邊境，服務瑞士巴塞爾、德國弗萊堡和法國米盧斯的國際機場，附近曾爆發新冠疫情，感染人數眾多，但三個國家感染死亡率卻有極大的差異。法國每一百萬人有935人死亡，瑞士每一百萬人僅有25人死亡，而德國每一百萬人只有7人死亡，高低相差133倍。為什麼同樣大規模染疫，德國人的死亡率卻如此低? 國外研究推論，如此大的死亡率差異，與各國習慣食物種類有關。學者認為，答案可能與德國人愛吃「發酵的包心菜(德國酸菜) 」有關。十字花科蔬菜像高麗菜、大白菜等，富含有機硫化物(如:蘿蔔硫素)、膳食纖維，及多種礦物質和維生素，在經過發酵後的活菌、乳酸菌等益菌加分，對於腸道生態有著十足幫助，能有效提升免疫力。而同樣愛吃泡菜的韓國民族，在此波疫情下，死亡率也相對較低。
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